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實驗技術(shù)流程
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實驗常見問題
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結(jié)果分析
對于一幅ChIP-qPCR實驗結(jié)果Figure,應(yīng)包含位點作用示意圖、qPCR結(jié)果數(shù)據(jù)分析圖,并應(yīng)在Supplement中補充相關(guān)的驗證性實驗圖片,具體如下圖所示。
Figure A:
未處理組(Mock)與處理組(Treat)RNA聚合酶II分別與目的基因啟動子調(diào)控區(qū)域A區(qū)域、D區(qū)域、G區(qū)域的結(jié)合。處理后RNA聚合酶II與A區(qū)域、G區(qū)域結(jié)合明顯增加,D區(qū)域結(jié)合情況未有明顯變化。
Figure B:
未處理組(Mock)與處理組(Treat)轉(zhuǎn)錄因子1(TF1)分別與目的基因啟動子調(diào)控區(qū)域A區(qū)域、B區(qū)域、C區(qū)域、D區(qū)域、E區(qū)域、F區(qū)域、G區(qū)域、H區(qū)域、I區(qū)域的結(jié)合情況比較。未處理組(Mock):轉(zhuǎn)錄因子1(TF1)與目的基因啟動子調(diào)控區(qū)域A、B、G、H有結(jié)合,但與D、E、I區(qū)域有不明顯的少量結(jié)合,且與C、F組不結(jié)合。處理組(Treat):轉(zhuǎn)錄因子1(TF1)與目的基因啟動子調(diào)控區(qū)域A、B、C、D、E、F、G、H、I均有結(jié)合,且與A、B、G、H區(qū)域的結(jié)合經(jīng)處理后明顯的大量提升,且原本不結(jié)合的C、F區(qū)域處理后有少量結(jié)合,對D、E、I區(qū)域的結(jié)合情況無明顯改變。
Figure C:
未處理組(Mock)與處理組(Treat)轉(zhuǎn)錄因子2(TF2)分別與目的基因啟動子調(diào)控區(qū)域A區(qū)域、B區(qū)域、C區(qū)域、D區(qū)域、E區(qū)域、F區(qū)域、G區(qū)域、H區(qū)域、I區(qū)域的結(jié)合情況。未處理組(Mock):轉(zhuǎn)錄因子2(TF2)與目的基因啟動子調(diào)控區(qū)域G、H有明顯結(jié)合,與A、B、C、I區(qū)域有少量的結(jié)合,且與D、F組不結(jié)合。處理組(Treat):轉(zhuǎn)錄因子2(TF2)與目的基因啟動子調(diào)控區(qū)域A、B、C、D、E、F、G、H、I均有結(jié)合,且與A、B、G、H區(qū)域的結(jié)合經(jīng)處理后明顯的大量提升,且與C、I區(qū)域的結(jié)合經(jīng)處理后也有提升,與且原本不結(jié)合的D、F區(qū)域處理后有少量結(jié)合,對E區(qū)域的結(jié)合情況無改變。
Figure D:
未處理組(Mock)與處理組(Treat)轉(zhuǎn)錄因子2(TF2)分別與目的基因啟動子調(diào)控區(qū)域Chr1.3q4(1號染色體3q4座位)的區(qū)域:A區(qū)域、B區(qū)域、C區(qū)域、D區(qū)域、E區(qū)域、F區(qū)域、G區(qū)域、H區(qū)域、I區(qū)域的結(jié)合情況。未處理組(Mock):H3K7Ac(3號組蛋白7號賴氨酸位點乙?;揎椀鞍祝┡c目的基因啟動子調(diào)控區(qū)域A,B C G、H有明顯結(jié)合,與D、E、F、I區(qū)域有少量的結(jié)合。處理組(Treat):H3K7Ac(3號組蛋白7號賴氨酸位點乙?;揎椀鞍祝┡c目的基因啟動子調(diào)控區(qū)域A、B、C、D、E、F、G、H、I均有結(jié)合,且與A、B、C、G、H、I區(qū)域的結(jié)合經(jīng)處理后明顯的大量提升,且與D、E區(qū)域的結(jié)合經(jīng)處理后也有少量提升。
Supplement:
A 預(yù)實驗:WB檢測轉(zhuǎn)錄因子在細胞核內(nèi)表達
B 細胞核抽提物被經(jīng)過超聲波打斷或核酸酶酶解后DNA電泳,表示基因組DNA被打斷成500bp左右的片段,方便后續(xù)的免疫共沉淀實驗。
C ChIP-qPCR實驗后,體系內(nèi)的DNA片段擴增物進行DNA電泳,檢測qPCR擴增產(chǎn)物是否和設(shè)計相符,以及檢測是否有引物二聚體產(chǎn)生影響實驗。